A qualidade do ensino, especialmente na graduação, é uma prioridade para o Conselho Federal de Farmácia (CFF). Desde 2009, por força de um termo de cooperação, atua como consultor do Ministério da Educação, emitindo pareceres à Secretaria de Regulação do Ensino Superior (Seres) sobre a relevância, a pertinência e a inovação das propostas de IES nos processos de autorização de criação de cursos e renovação do reconhecimento de cursos em funcionamento. Esses pareceres subsidiam a Seres nas avaliações solicitadas para o mesmo fim pelo Inep.
O Sistema CFF/CRFs também mantém ações permanentes pelo ensino presencial na graduação em saúde, liderando esse movimento no Congresso Nacional.